Vale, pues a ver si lo solucionamos.
Tu tienes un acuario con agua, da igual de donde venga, grifo, botella, da lo mismo, el caso es que es agua. En ese agua hay un bicho viviendo y por lo tanto esta defecando y orinando en el agua. Esas heces y esa orina contienen compuestos nitrogenados que al descomponerse liberan amoniaco (tambien pasa lo mismo con restos de comida, plantas muertas, etc). Ese amoniaco se dispersa por el agua de forma libre (imaginatelo como si fuese yo que se, sal disuelta en el agua, no la ves pero esta ahi). En presencia de ciertas bacterias, ese amoniaco es metabolizado y transformado mediante una serie de reacciones en la sustancia de deshecho de esas bacterias que en este caso son nitritos. Esos nitritos se dispersan disueltos por el agua. Hay otras bacterias que captan esos nitritos, los metabolizan a nitratos y los excretan al agua. Los nitratos son quimicamente poco activos y energeticamente pobres asi que pocas cosas los usan, de modo que simplemente se van acumulando y acumulando en el agua, aumentando su concentracion. Hay dos formas de eliminar esos nitratos, una es diluyendo la concentracion a base de hacer cambios de agua parciales. La otra con las plantas, que los captan por sus raices y los utilizan para construir sus tejidos, de forma que quedan atrapados en la planta, en lugar de estar por ahi disueltos.
Las bacterias que transforman amoniaco en nitritos y nitritos en nitratos, viven formando una capa transparente sobre toda superficie sumergida en el acuario, pero tardan un tiempo en establecerse y colonizar esas superficies, por eso desde que se monta un acuario desde cero, hasta que esta ciclado, suele pasar aproximadamente un mes. Lo que pasa es que las bacterias son sensibles a cambios ambientales asi que si se hacen cambios de agua demasiado grandes, por ejemplo, se pueden morir por el shock y entonces hay que volver a empezar de nuevo. A las bacterias hay que cuidarlas, hay que mimarlas, teniendo cuidado de hacer cambios de agua parciales pequeños (no mas del 20%) para evitar que las condiciones cambien de forma brusca. Esto es tambien por lo que se deja reposar el agua, para que pierda el cloro y no mate a las bacterias (ademas de no afectar tambien a los animales) y tambien por lo que se recomiendo hacer cambios de agua con agua a la misma temperatura, para que no haya un choque brusco.
Si las bacterias estan contentas y tienen un ambiente estable, procesaran todo el amoniaco que se produzca dentro del acuario y lo transformaran eficazmente en nitratos, que luego tu eliminas con los cambios de agua pequeños y con las plantas. Si las bacterias no estan bien, o directamente no hay porque han muerto todas por un cambio de agua demasiado brusco, por ejemplo, no hay nada que transforme el amoniaco y este siemplemente se acumula en el agua, aumentando su concentracion, y esto es muy peligroso porque es un compuesto toxico y en concentraciones altas puede causar quemaduras e incluso la muerte.
No se si eso te habra ayudado a entenderlo un poco mejor, pero basicamente lo que tienes que saber es que para tene run acuario estable y sano, necesitas bacterias, y para que esas bacterias esten bien, necesitas cuidarlas y alterar las condiciones lo minimo posible para que esten contentas.
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