No creo que suponga ninguna ventaja ni desventaja que el cocodrilo cubano hibride con el americano. El cocodrilo cubano es más terrestre que las demás especies de cocodrilos porque su presa principal antes era una especie de roedor gigante terrestre, pero el hombre ya se encargo de extinguirlo. Así que no hay ningún motivo en la actualidad para que el cocodrilo cubano sea más terrestre, pero tampoco hay motivos para que sea tan acuático como el resto de especies de cocodrilos.
Así que no creo que se trate de ningún "paso hacia delante" en la evolución (si que hay un proceso evolutivo porque se está produciendo un cambio) donde haya un aumento en la supervivencia de los individuos.
Antes el cocodrilo cubano tenía una mayor distribución en la isla y tenía una clara ventaja adaptativa frente el cocdrilo americano (como he dicho podía comer la presa más abundante en la isla, que era terrestre). Así que la hibirdación podía darse pero no ser importante (la selección natural se encargaría de favorecer los cocodrilos cubanos puros, más terrestres). Pero como ya no existe esa presa, la ventaja para el cubano desaparecio. Además, el area de distribución se redujo mucho por culpa del hombre, así que quizás la cantidad de la casos de hibirdación sea el mismo que antes en valores absolutos, pero en terminos relativos haya aumentado mucho (porque se ha reducido mucho el número de cococdrilos cubanos).
Por ello, aunque la hibirdación se de forma natural en el campo, puede que este fenómeno se haya favorecido por causas antropogénicas. Así pues, quizás sería conveniente realizar la consiguiente valoración de si se debe hacer algo o no al respecto de este fenómeno (ya que no pasa por causas naturales).