Supongo que por si puede traer problemas te refieres a si es inocuo al tragarlo... Mira, cualquier cosa que le quepa en la boca al gecko corre riesgo de ser ingerida, y cualquier cosa ingerida (algunas en grandes cantidades, otras cosas no hace falta que traguen mucho para perjudicar) puede provocar problemas.
La turba, si se traga, puede causar un bloqueo intestinal, aunque en menor medida que la arena porque no se compacta tanto. La considero de riesgo "medio".
Con esto no quiero decir que no lo pongas, hay gente que mantiene a sus geckos perfectamente sobre turba y tú también puedes hacerlo. Es sólo que no te voy a decir "es perfectamente inocua".
Si le quieres poner un sustrato suelto otras opciones son la fibra de coco (tiene uno de los mismos inconvenientes que la turba y es que retiene la humedad, y hay mucha gente a la que no le gusta porque se queda como hilillos, pero es más inofensiva si se traga), cortezas de madera lo suficientemente grandes como para que no puedan ser tragadas (te va a llevar un rato separar las que son grandes de las que no, y no pueden ser ni de cedro ni de pino porque son tóxicos. Me gustan especialmente las de haya porque no retienen la humedad, pero te va a costar encontrarlas grandes porque las suelen cortar en trozos muy pequeños. Las cortezas corren el riesgo de que pueden pudrirse), arena (los pros y contras creo que ya los conocemos todos)... Ahora mismo no se me ocurren muchos más.
Que no sean sueltos tienes las alfombras de césped artificial (muy tediosas de limpiar y si no son de buena calidad pueden causar abrasiones), el eterno papel de cocina, o puedes usar azulejos o baldosas (si pides en una tienda que se dedique a esto que te den baldosas defectuosas de pizarra, por ejemplo, podría quedar un efecto bastante natural, aunque no son tan fáciles de limpiar ni quedan tan bonitas como los sustratos sueltos).
Con cualquier sustrato suelto que elijas reducirás el riesgo de impactación si el gecko está sano y sin deficiencias nutricionales. Si lo ves mal, pásalo a papel de cocina una temporada.