Si, de acuerdo, las puedes tener muy limpias, y supongo que no tienes espacio. Sin embargo, hay bacterias y protozoos que viven en equilibrio en los intestinos de cada una de estas especies. Cuando un animal está en malas condiciones, una bacteria de estas puede hacerse fuerte y proliferar, no es que la haya pillado por ahí por falta de higiene (de estas también hay, claro, si no, la explicación que te doy no tendría sentido).
Un animal que ingiere una bacteria extraña a su flora, puede, en un momento de decaimiento, que no necesariamente conduciría a enfermedad en otras circunstancias, enfermar. Los inofensivos coccidios presentes en las heces de la Pogona se pueden enquistar en el hígado de las tortugas y matarlas en poco tiempo. Al revés pasa con la Salmonela.
Es decir, que estás teniendo muchísima suerte porque los animales están fuertes y limpios, pero estás jugando a la ruleta rusa, yo entiendo que cada uno tiene sus circunstancias, pero también debe conocer los riesgos que corre, y en ningún caso esto es una valoración de tu actitud cara a los animales.
Un saludo.